Il Fondo Amati costituisce il nucleo iniziale della Biblioteca dei Servi, e consiste nell’eredità di Don Giacinto Amati (1778-1850), erudito bibliofilo, conservatore dell’Ambrosiana e primo parroco secolare di Santa Maria dei Servi dopo le soppressioni napoleoniche, morto nel 1850, che lasciò i libri che aveva raccolto alla nuova parrocchia di San Carlo, "… a vantaggio ed utile del Clero Parrocchiale, rappresentato dal M. R. Prevosto Parroco": tale fondo consta di oltre 4000 pezzi tra manoscritti e volumi a stampa dal XIV al XIX secolo, molto pregiati, in greco, latino, arabo, ebraico, italiano, tedesco, francese, riguardanti la teologia, la patristica, la storia della Chiesa, l’arte, la storia, la letteratura.

Il Fondo ha subito vari rimaneggiamenti, ma nessuno di questi ha mai prodotto un vero catalogo dell’intero Fondo, anche se nel 1964 fu pubblicato il Catalogo degli incunaboli del fondo "Giacinto Amati" della Biblioteca dei Servi di Milano a cura di P. Giuseppe M. Besutti, e nel 1965 fu organizzata una "Mostra degli incunaboli del Fondo Giacinto Amati", curata dall’allora Priore del convento di San Carlo P. Filippo M. Berlasso.
E’ ora in fase di redazione l’inventario dell’intero fondo.

Il Fondo Antico: circa 600 volumi, la cui provenienza non e' stata ricostruita (XVIII sec.-1900).

Il Fondo Archivi: raccoglie la documentazione relativa a cinque parrocchie soppresse nel 1787 a Milano in zona di Porta Orientale,(Santa Maria alla Passarella, San Paolo in Compito, San Vito in Pasquirolo, San Giorgio al Pozzo Bianco, San Pietro all'Orto) e depositata presso l’ archivio parrocchiale di Santa Maria dei Servi (che aveva assorbito le cinque parrocchie), oltre ai documenti relativi alle parrocchie di Santa Maria dei Servi e di San Carlo al Corso (1787-1925).

L’inventario degli archivi delle cinque parrocchie soppresse è stato pubblicato da Emanuela Ellero, con un’introduzione storica di Davide M. Montagna O.S.M.; l’inventario dell’archivio della parrocchia di Santa Maria dei Servi, diventata poi San Carlo al Corso con la costruzione della chiesa dedicata al Borromeo e la demolizione dell’antica chiesa dei Servi, è inedito.

I Servi di Maria, allontanati da Milano, nel 1787, vi fecero ritorno nel 1925: i documenti dell’archivio parrocchiale di San Carlo relativi al periodo che va dal primo gennaio 1926 ad oggi si trovano nell’Archivio Conventuale dei Servi, non consultabile.

GLI INVENTARI DEGLI ARCHIVI PARROCCHIALI sono consultabili tramite il software Sesamo distribuito dalla Regione Lombardia:
Santa Maria alla Passarella
San Giorgio al Pozzo Bianco
San Pietro all’Orto
San Paolo in Compito
San Vito in Pasquirolo
Santa Maria dei Servi
San Carlo